El Fondo de Fomento Agropecuario del Estado de Baja California, es un fideicomiso de inversión y administración, contemplado en el plan nacional de desarrollo 2007-2012, que esta orientado al desarrollo de una economía competitiva y generadora de empleos, se han delineado cinco objetivos de política publica para el sector rural que permitan orientar el quehacer institucional para lograr el crecimiento y desarrollo fundamental para el sector y para el país en conjunto.

Cuya integración se derivo de la firma el 22 de marzo de 1996, de un convenio para la realización de acciones conjuntas, entre el gobierno federal por conducto de la SAGARPA y el Gobierno del Estado, para el desarrollo de la actividad agropecuaria en la entidad, concertando recursos de ambas partes en el programa.

Posteriormente con fecha 25 de junio de 1997, el gobierno federal a través de la comisión nacional del agua y el gobierno del estado, suscribieron un acuerdo de coordinación por medio del cual los programas hidroagrícolas de la CONAGUA, se conjuntan y hacen compatibles con los programas de la alianza para el campo, a cargo de la SAGARPA, por tal razón con fecha 15 de julio de 1997, se formalizo esta incorporación mediante un convenio modificatorio al contrato del fideicomiso.